{"id":10647,"date":"2021-01-22T11:42:34","date_gmt":"2021-01-22T16:42:34","guid":{"rendered":"https:\/\/canarie.machinedev.ca\/logiciels\/platforms\/genap\/"},"modified":"2021-03-18T15:35:09","modified_gmt":"2021-03-18T19:35:09","slug":"genap","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/www.canarie.ca\/fr\/logiciels\/plateformes\/genap\/","title":{"rendered":"GenAP"},"content":{"rendered":"\n\n
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Plateforme d\u2019analyse en g\u00e9n\u00e9tique et en g\u00e9nomique (GenAP)<\/h1>\n \t\t \t\t <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n<\/section>\n\n\n\n\n\n
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L\u2019informatique au service des sp\u00e9cialistes en g\u00e9nomique et des cliniciens<\/h3>\n

D\u00e9partement de g\u00e9n\u00e9tique humaine, Universit\u00e9 McGill, Universit\u00e9 de Sherbrooke<\/strong><\/p>\n

Jamais le code g\u00e9n\u00e9tique de l\u2019\u00eatre humain n\u2019a-t-il \u00e9t\u00e9 autant \u00e0 port\u00e9e de la main, essentiellement parce qu\u2019on dispose depuis peu de technologies tr\u00e8s pointues, mais aussi peu co\u00fbteuses pour s\u00e9quencer l\u2019ADN. La g\u00e9nomique est une science d\u2019une utilit\u00e9 formidable pour \u00e9tudier les origines de l\u2019Homme, les maladies h\u00e9r\u00e9ditaires et les syst\u00e8mes biologiques. Cet outil puissant facilite aussi le travail clinique et ouvre la porte aux diagnostics, aux traitements et \u00e0 l\u2019\u00e9valuation des risques d\u2019apr\u00e8s le g\u00e9nome de l\u2019individu. Malheureusement, la g\u00e9nomique n\u2019a eu qu\u2019un impact modeste sur la m\u00e9decine clinique de tous les jours, car ses outils actuels s\u2019adressent exclusivement \u00e0 la recherche et leur usage s\u2019av\u00e8re complexe. De plus, exploiter les jeux de donn\u00e9es colossaux en g\u00e9nomique n\u2019est pas une mince affaire.<\/p>\n

Voici GenAP (pour Genetics and Genomics Analysis Platform ou Plateforme d\u2019analyse en g\u00e9n\u00e9tique et en g\u00e9nomique), une plateforme qui, non seulement, repousse les limites de l\u2019analyse des donn\u00e9es en g\u00e9nomique, mais met ces derni\u00e8res \u00e0 la port\u00e9e des biologistes et des m\u00e9decins.<\/p>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/section>\n\n\n

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GenAP r\u00e9unit des centaines d\u2019\u00e9l\u00e9ments de logiciels en g\u00e9nomique et des installations de calcul informatique de pointe de fa\u00e7on transparente pour en faire un outil de recherche unique.<\/p>\n

Les chercheurs et les cliniciens qui utilisent GenAP peuvent\u00a0parcourir et partager les donn\u00e9es plus facilement, ce qui acc\u00e9l\u00e8re les perc\u00e9es tant scientifiques que th\u00e9rapeutiques.<\/p>\n<\/div>\n\t \t \t\t <\/div>\n<\/section>\n\n\n\n

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Des donn\u00e9es volumineuses personnalis\u00e9es<\/h3>\n

Il faudrait une pile de 50 DVD pour stocker le code g\u00e9n\u00e9tique complet d\u2019une personne; une \u00e9tude sur un millier de patients engendrera des centaines de t\u00e9raoctets de donn\u00e9es. Transf\u00e9rer une telle masse d\u2019informations avec les moyens usuels serait malcommode; il serait difficile de la stocker et, sans les outils ad\u00e9quats, l\u2019exploiter se r\u00e9v\u00e8lerait tout simplement impossible.<\/p>\n

GenAP r\u00e9unit des centaines d\u2019\u00e9l\u00e9ments de logiciels en g\u00e9nomique et des installations de calcul informatique de pointe de fa\u00e7on transparente pour en faire un outil de recherche unique qui poss\u00e8de la capacit\u00e9 de stockage et la puissance de calcul voulues. Ce syst\u00e8me r\u00e9parti garde les donn\u00e9es m\u00e9dicales sur les malades \u00e0 l\u2019abri derri\u00e8re un coupe-feu adh\u00e9rant \u00e0 des normes tr\u00e8s s\u00e9v\u00e8res de confidentialit\u00e9 et d\u2019accessibilit\u00e9, tout en autorisant une vaste consultation des jeux de donn\u00e9es publics sur le g\u00e9nome. Ainsi, les chercheurs et les cliniciens qui utilisent GenAP peuvent parcourir et partager les donn\u00e9es plus facilement, ce qui acc\u00e9l\u00e8re les perc\u00e9es tant scientifiques que th\u00e9rapeutiques.<\/p>\n

Un jour, les d\u00e9couvertes en g\u00e9nomique permettront \u00e0 l\u2019omnipraticien de d\u00e9pister de rares mutations lors de son auscultation et de prescrire un m\u00e9dicament sp\u00e9cialement con\u00e7u pour les soigner. Les familles touch\u00e9es par ces maladies peu communes seront les premi\u00e8res \u00e0 en profiter mais, au bout du compte, chacun jouira des retomb\u00e9es de tels outils. En effet, les affections qui affligent bon nombre d\u2019entre nous \u2013 l\u2019asthme, certaines formes de cancer, les cardiopathies et le diab\u00e8te, par exemple \u2013 pourraient elles aussi r\u00e9sulter d\u2019une r\u00e9cente ou ancienne variation du code g\u00e9n\u00e9tique.<\/p>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/section>\n\n\n

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Travailler la main dans la main<\/h3>\n

GenAP est le produit d\u2019une collaboration entre les \u00e9quipes de g\u00e9nomique et de calcul informatique de pointe (CIP) de l\u2019Universit\u00e9 McGill University et de l\u2019Universit\u00e9 de Sherbrooke.<\/p>\n

Il est possible d\u2019acc\u00e9der \u00e0 la plateforme GenAP par le registre de logiciels de CANARIE. La plateforme int\u00e8gre des services facilitant la gestion d\u2019\u00e9normes fichiers r\u00e9partis pour le traitement et l\u2019analyse du g\u00e9nome, ainsi qu\u2019une centaine d\u2019outils en g\u00e9nomique.<\/p>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/section>\n\n\n

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Le d\u00e9veloppement de la plateforme GenAP a \u00e9t\u00e9 rendu possible gr\u00e2ce aux fonds dispens\u00e9s par CANARIE dans le cadre de son programme Logiciels de recherche.<\/p>\n <\/div>\n <\/div>\n \t\t\t<\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/div>\n <\/section>\n\n\n\n

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Ressources suppl\u00e9mentaires<\/h2>\n
\n \t\t\t\t \tSite de web GenAP<\/a>
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