{"id":10513,"date":"2020-10-07T18:52:00","date_gmt":"2020-10-07T22:52:00","guid":{"rendered":"https:\/\/canarie.machinedev.ca\/tous-ensemble-contre-la-covid-19-la-plateforme-danalyse-en-bio-informatique-irida\/"},"modified":"2020-10-07T18:52:00","modified_gmt":"2020-10-07T22:52:00","slug":"tous-ensemble-contre-la-covid-19-la-plateforme-danalyse-en-bio-informatique-irida","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.canarie.ca\/fr\/tous-ensemble-contre-la-covid-19-la-plateforme-danalyse-en-bio-informatique-irida\/","title":{"rendered":"Tous ensemble contre la COVID-19 : la plateforme d\u2019analyse en bio-informatique IRIDA"},"content":{"rendered":"

Billet : Erik Bitmanis<\/a>, Sp\u00e9cialiste du d\u00e9veloppement des entreprises<\/em><\/p>\n

Dans ce billet, je vous parlerai de la plateforme IRIDA (acronyme d\u2019Integrated Rapid Infectious Disease Analysis ou plateforme int\u00e9gr\u00e9e d\u2019analyse rapide des maladies infectieuses) et du r\u00f4le primordial qu\u2019elle joue dans la lutte contre le nouveau coronavirus. Con\u00e7ue comme une plateforme d\u2019analyse en bio-informatique permettant de mener des enqu\u00eates en temps r\u00e9el sur les \u00e9closions de maladies infectieuses \u00e0 partir des donn\u00e9es sur les s\u00e9quences g\u00e9n\u00e9tiques, cette plateforme conviviale et de source ouverte a vu le jour gr\u00e2ce \u00e0 la collaboration de l\u2019Universit\u00e9 Simon Fraser, du Centre for Disease Control de l\u2019Universit\u00e9 de la Colombie-Britannique, de l\u2019Universit\u00e9 Dalhousie, de l\u2019Universit\u00e9 McMaster et du Laboratoire national de microbiologie, o\u00f9 se trouve l\u2019\u00e9quipe principale charg\u00e9e de son d\u00e9veloppement.<\/p>\n

De quelle mani\u00e8re IRIDA facilite-t-elle la recherche sur la COVID-19?<\/h3>\n

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IRIDA est la plateforme g\u00e9nomique d\u2019\u00e9pid\u00e9miologie officielle des laboratoires de sant\u00e9 publique du Canada. Une de ses instances a d\u2019ailleurs r\u00e9cemment \u00e9t\u00e9 d\u00e9ploy\u00e9e au Laboratoire national de microbiologie, \u00e0 Winnipeg, o\u00f9 elle sert de d\u00e9p\u00f4t aux donn\u00e9es sur les s\u00e9quences g\u00e9n\u00e9tiques du virus SARS-CoV-2, au Canada. Les donn\u00e9es sur la COVID-19 venant des provinces et des territoires y sont vers\u00e9es, puis analys\u00e9es. La plateforme joue aussi un r\u00f4le essentiel dans le Projet RCanG\u00e9CO<\/a> que finance Innovation, Sciences et D\u00e9veloppement \u00e9conomique Canada et qu\u2019administre G\u00e9nome Canada.<\/p>\n

Pourquoi IRIDA est-elle si efficace pour analyser et s\u00e9quencer les donn\u00e9es sur la COVID-19? Parce qu\u2019elle recourt au s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome entier, technique qui d\u00e9chiffre l\u2019ADN complet d\u2019un organisme. L\u2019avantage de cette technique, pour la recherche sur les maladies infectieuses comme la COVID-19, est qu\u2019elle diff\u00e9rencie les changements infimes subis par le virus. Si on y ajoute les donn\u00e9es \u00e9pid\u00e9miologiques, pareille analyse permet de suivre le virus \u00e0 l\u2019\u00e9chelon r\u00e9gional, national ou mondial. Bien que les chercheurs en g\u00e9nomique connaissent les avantages de s\u00e9quencer le g\u00e9nome entier, avant IRIDA, la technique \u00e9tait difficile \u00e0 ma\u00eetriser en raison du formidable volume de donn\u00e9es qu\u2019elle engendre, ainsi que du co\u00fbt et de la complexit\u00e9 du logiciel n\u00e9cessaire pour les analyser et les mettre en contexte. IRIDA supprime ces obstacles. Les chercheurs en sant\u00e9 publique peuvent donc y recourir, ce qui acc\u00e9l\u00e8re la recherche sur la COVID-19.<\/p>\n

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L\u2019avenir d\u2019IRIDA<\/h3>\n

Face \u00e0 l\u2019importance qu\u2019IRIDA a prise dans la lutte contre la COVID-19, l\u2019\u00e9quipe qui a con\u00e7u la plateforme continue d\u2019\u00e9largir et d\u2019uniformiser ses flux de t\u00e2ches, afin que d\u2019autres chercheurs puissent y acc\u00e9der. Une \u00e9quipe pilot\u00e9e par Emma Griffiths s\u2019efforce d\u00e9j\u00e0 de normaliser le format de l\u2019affichage et de l\u2019enregistrement des donn\u00e9es sur le g\u00e9nome. Pareille normalisation rendrait la collaboration entre chercheurs canadiens et \u00e9trangers consid\u00e9rablement plus efficace. Cette d\u00e9marche mise \u00e0 part, l\u2019\u00e9quipe d\u2019IRIDA esp\u00e8re donner plus d\u2019expansion \u00e0 sa plateforme en am\u00e9liorant l\u2019aspect visuel des donn\u00e9es et l\u2019exportation des rapports uniformis\u00e9s.<\/p>\n

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L\u2019union fait la force<\/h3>\n

D\u2019embl\u00e9e, la collaboration a toujours figur\u00e9 au c\u0153ur du projet IRIDA. C\u2019est pourquoi la plateforme restera une plateforme ouverte, \u00e0 la disposition du milieu de la recherche. Les utilisateurs pourront donc l\u2019installer dans leur propre environnement et s\u2019en servir pour leurs travaux. Quelques laboratoires internationaux en Afrique du Sud et au Royaume-Uni l\u2019ont d\u2019ailleurs d\u00e9j\u00e0 d\u00e9ploy\u00e9e.<\/p>\n

Gr\u00e2ce au financement et \u00e0 l\u2019aide dispens\u00e9s par CANARIE dans le cadre de son programme Logiciels de recherche, l\u2019\u00e9quipe d\u2019IRIDA continue de perfectionner sa plateforme afin que plus d\u2019\u00e9quipes en g\u00e9nomique et dans d\u2019autres disciplines scientifiques puissent s\u2019en servir.<\/p>\n

La pand\u00e9mie de COVID-19 a touch\u00e9 l\u2019humanit\u00e9 \u00e0 une \u00e9chelle sans pr\u00e9c\u00e9dent dans l\u2019histoire, mais les Canadiens peuvent \u00eatre fiers du r\u00f4le qu\u2019IRIDA joue en faisant progresser les recherches cruciales qui att\u00e9nueront les r\u00e9percussions de la maladie.<\/p>\n

Pour en savoir plus sur la plateforme IRIDA, visitez le site https:\/\/www.irida.ca\/<\/a><\/p>\n

En savoir plus<\/h2>\n