Accueil » Blogues CANARIE » Tous ensemble contre la COVID-19 : la plateforme d’analyse en bio-informatique IRIDA

Tous ensemble contre la COVID-19 : la plateforme d’analyse en bio-informatique IRIDA

Posted
on 7 October, 2020

Billet : Erik Bitmanis, Spécialiste du développement des entreprises

Dans ce billet, je vous parlerai de la plateforme IRIDA (acronyme d’Integrated Rapid Infectious Disease Analysis ou plateforme intégrée d’analyse rapide des maladies infectieuses) et du rôle primordial qu’elle joue dans la lutte contre le nouveau coronavirus. Conçue comme une plateforme d’analyse en bio-informatique permettant de mener des enquêtes en temps réel sur les éclosions de maladies infectieuses à partir des données sur les séquences génétiques, cette plateforme conviviale et de source ouverte a vu le jour grâce à la collaboration de l’Université Simon Fraser, du Centre for Disease Control de l’Université de la Colombie-Britannique, de l’Université Dalhousie, de l’Université McMaster et du Laboratoire national de microbiologie, où se trouve l’équipe principale chargée de son développement.

De quelle manière IRIDA facilite-t-elle la recherche sur la COVID-19?

IRIDA est la plateforme génomique d’épidémiologie officielle des laboratoires de santé publique du Canada. Une de ses instances a d’ailleurs récemment été déployée au Laboratoire national de microbiologie, à Winnipeg, où elle sert de dépôt aux données sur les séquences génétiques du virus SARS-CoV-2, au Canada. Les données sur la COVID-19 venant des provinces et des territoires y sont versées, puis analysées. La plateforme joue aussi un rôle essentiel dans le Projet RCanGéCO que finance Innovation, Sciences et Développement économique Canada et qu’administre Génome Canada.

Pourquoi IRIDA est-elle si efficace pour analyser et séquencer les données sur la COVID-19? Parce qu’elle recourt au séquençage du génome entier, technique qui déchiffre l’ADN complet d’un organisme. L’avantage de cette technique, pour la recherche sur les maladies infectieuses comme la COVID-19, est qu’elle différencie les changements infimes subis par le virus. Si on y ajoute les données épidémiologiques, pareille analyse permet de suivre le virus à l’échelon régional, national ou mondial. Bien que les chercheurs en génomique connaissent les avantages de séquencer le génome entier, avant IRIDA, la technique était difficile à maîtriser en raison du formidable volume de données qu’elle engendre, ainsi que du coût et de la complexité du logiciel nécessaire pour les analyser et les mettre en contexte. IRIDA supprime ces obstacles. Les chercheurs en santé publique peuvent donc y recourir, ce qui accélère la recherche sur la COVID-19.

L’avenir d’IRIDA

Face à l’importance qu’IRIDA a prise dans la lutte contre la COVID-19, l’équipe qui a conçu la plateforme continue d’élargir et d’uniformiser ses flux de tâches, afin que d’autres chercheurs puissent y accéder. Une équipe pilotée par Emma Griffiths s’efforce déjà de normaliser le format de l’affichage et de l’enregistrement des données sur le génome. Pareille normalisation rendrait la collaboration entre chercheurs canadiens et étrangers considérablement plus efficace. Cette démarche mise à part, l’équipe d’IRIDA espère donner plus d’expansion à sa plateforme en améliorant l’aspect visuel des données et l’exportation des rapports uniformisés.

 

L’union fait la force

D’emblée, la collaboration a toujours figuré au cœur du projet IRIDA. C’est pourquoi la plateforme restera une plateforme ouverte, à la disposition du milieu de la recherche. Les utilisateurs pourront donc l’installer dans leur propre environnement et s’en servir pour leurs travaux. Quelques laboratoires internationaux en Afrique du Sud et au Royaume-Uni l’ont d’ailleurs déjà déployée.

Grâce au financement et à l’aide dispensés par CANARIE dans le cadre de son programme Logiciels de recherche, l’équipe d’IRIDA continue de perfectionner sa plateforme afin que plus d’équipes en génomique et dans d’autres disciplines scientifiques puissent s’en servir.

La pandémie de COVID-19 a touché l’humanité à une échelle sans précédent dans l’histoire, mais les Canadiens peuvent être fiers du rôle qu’IRIDA joue en faisant progresser les recherches cruciales qui atténueront les répercussions de la maladie.

Pour en savoir plus sur la plateforme IRIDA, visitez le site https://www.irida.ca/

En savoir plus