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Pour encourager la réutilisation des logiciels en recherche, CANARIE octroie jusqu’à 3,4 M$ à des équipes scientifiques qui adapteront leurs plateformes afin que d’autres chercheurs puissent s’en servir

Posted
on 15 October, 2020

La réutilisation des logiciels accélère la découverte et optimise l’impact des sommes que le trésor public investit dans la recherche


[Ottawa, ON]

Aujourd’hui, CANARIE a dévoilé les 13 projets qui ont été retenus à la suite du dernier appel lancé dans le cadre de son programme « Logiciels de recherche ». En subventionnant ces projets, l’organisme permettra aux équipes de recherche d’adapter leurs plateformes pour que d’autres équipes puissent s’en servir, notamment celles poursuivant des travaux dans d’autres disciplines. De cette façon, de nouvelles équipes de recherche un peu partout au pays pourront recourir aux logiciels élaborés grâce à un financement antérieur afin d’intensifier leurs travaux.

La démarche scientifique (acquisition de données, stockage, calculs/traitement, visualisation et gestion des résultats) est la même, peu importe la discipline dans laquelle s’effectuent les recherches. En adaptant les logiciels développés spécifiquement pour faciliter cette démarche afin que d’autres équipes puissent s’en servir, on optimisera l’impact des sommes que les organismes publics injectent dans la recherche et parviendra plus rapidement à des découvertes:

  • Une plus grande partie des fonds destinés à la recherche seront utilisés précisément pour cela, plutôt que pour recréer des logiciels existants.
  • Les économies réalisées au niveau du développement des logiciels permettront aux scientifiques de consacrer plus de temps et de ressources à la recherche proprement dite.

Le financement de ces projets a été rendu possible grâce aux 137 millions de dollars que le gouvernement du Canada a octroyé à CANARIE pour son mandat de 2020 à 2024.

« Pouvoir se connecter, échanger des données et collaborer avec des chercheurs des quatre coins du pays et du monde est une priorité pour notre gouvernement », a déclaré l’honorable Navdeep Bains, ministre de l’Innovation, des Sciences et de l’Industrie. « Les fonds annoncés aujourd’hui concourront à accélérer la découverte au Canada et aidant nos chercheurs à trouver, à consulter et à réutiliser plus facilement des données en collaboration avec leurs collègues du Canada et d’ailleurs. »

Équipes de recherche subventionnées

  • CBRAIN | sous la direction d’Alan C. Evans (Ph. D.), Université McGill

Cette plateforme de collaboration en recherche, accessible par le Web, simplifie l’exploitation des jeux volumineux de données conservés sur une infrastructure nationale de calcul informatique de pointe en nuage. CANARIE a commencé à subventionner CBRAIN en 2009. Depuis, la plateforme a joué un rôle capital dans la recherche en neuro-imagerie.

Évolution du logiciel : deux nouveaux flux de travail s’ajouteront à la plateforme pour gérer les données autrement et épauler plus de chercheurs dans d’autres domaines.

  • SlicerAIGT | sous la direction de Gabor Fichtinger (Ph. D.), Université Queen’s

Cette plateforme autorise le développement rapide d’applications guidées par l’image, par exemple des interventions chirurgicales durant lesquelles le médecin se fie aux images générées par un ordinateur plutôt qu’à la vision directe des organes. Deux modules de Slicer ont déjà bénéficié de l’aide financière de CANARIE.

Évolution du logiciel : SlicerAIGT ajoutera un module d’intelligence artificielle à la plateforme. L’application fera appel à l’apprentissage automatique pour isoler et identifier les particularités qui apparaissent sur l’image médicale.

  • LORIS | sous la direction d’Alan C. Evans (Ph. D.), Université McGill

Cette plateforme aide les chercheurs à rassembler, à structurer et à partager les données lors de collaborations entre différentes disciplines. Elle avait d’abord été élaborée à l’Institut neurologique de Montréal dans le cadre d’une étude sur le développement de l’encéphale en pédiatrie. Dorénavant, LORIS appuiera les projets de recherche poursuivis à différents endroits dans 22 pays sites en établissant des liens entre les données sur le cerveau, le comportement et les gènes.

Évolution du logiciel : La plateforme LORIS sera élargie pour inclure les données des électroencéphalogrammes (EEG) et faciliter la recherche sur le sommeil ainsi que la cartographie du cerveau humain.

  • Motus | sous la direction de Denis Lepage (Ph. D.), Oiseaux Canada

Motus est un réseau de collaboration en recherche international qui recourt à des capteurs coordonnés automatiquement pour suivre les déplacements locaux, régionaux et continentaux de petits animaux (oiseaux, chauve-souris, insectes). Ce système de surveillance de la faune a vu le jour en 2012 grâce au soutien financier supplémentaire que CANARIE lui a accordé en 2016.

Évolution du logiciel : Pour que de nouvelles équipes scientifiques adoptent la plateforme, Motus intègrera de nouvelles technologies de pistage, perfectionnera son interface utilisateur et deviendra interopérable avec d’autres plateformes de recherche.

  • IRIDA | sous la direction de William Hsiao (Ph. D.), Université Simon Fraser

IRIDA est une plateforme d’analyse en génomique extensible de source ouverte dont on se sert pour analyser rapidement et efficacement le génome des microorganismes. Séquencer l’entièreté du génome est une puissante méthode de recherche quand on étudie les maladies infectieuses et l’évolution des agents pathogènes, car cette technique garantit une résolution élevée, une grande efficacité et une importante économie de moyens.

Évolution du logiciel : Pour augmenter le nombre d’utilisateurs, la plateforme IRIDA (que CANARIE avait financée au départ en 2018) ajoutera des flux de travail dans de nouveaux domaines et améliorera son interface. Dans la lutte contre la pandémie de COVID-19, on recourt à IRIDA pour coordonner le partage et l’analyse des données sur le réseau canadien de la santé publique. Pour faciliter la coopération scientifique avec l’Europe, la plateforme connaîtra aussi des améliorations au niveau de l’exportation des données, afin que celles-ci puissent être versées dans l’European Nucleotide Archive (ENA).

  • OpenMS | sous la direction de Hannes Rost (Ph. D.), Université de Toronto

OpenMS regroupe une gamme d’outils informatiques avec lesquels les chercheurs exploitent plus efficacement la spectrométrie de masse, technique permettant d’établir avec une grande précision la masse des différentes molécules qui composent un échantillon.

Évolution du logiciel : Les hôpitaux universitaires du monde entier se sont activement lancés dans la quête de biomarqueurs, signature moléculaire permettant de dépister une maladie dès les premiers symptômes, de dresser un plan thérapeutique plus rapidement et d’en prédire l’issue. Dans le cadre de ce projet, on modifiera OpenMS en vue de découvrir et de valider des biomarqueurs dans les flux complexes de données qu’engendrent les spectromètres de masse.

  • Atlascine | sous la direction de Sébastien Caquard (Ph. D.), Université Concordia

Subventionnée au départ par CANARIE en 2018, la plateforme de source ouverte Atlascine permet aux chercheurs de nombreuses disciplines d’étiqueter et de cartographier de façon interactive des récits. Ensuite, on recourt à la carte obtenue pour illustrer les lieux où se déroule le récit et naviguer de l’un à l’autre en quête de renseignements spécifiques.

Évolution du logiciel : Atlascine inclura une carte interactive qui rassemblera les données sur de multiples récits, afin d’améliorer l’analyse de complexes schémas spatiaux dans d’importantes anthologies. La plateforme se déploiera d’elle-même, ce qui en facilitera l’adoption par un large éventail de chercheurs.

  • Overture | sous la direction de Christina Yung (Ph. D.), Ontario Institute for Cancer Research

Overture est une série de logiciels composée de modules adaptables et extensibles employée pour la recherche sur les jeux volumineux de données en génomique. Elle emmagasine et distribue les jeux de données tout en offrant un système d’authentification et d’autorisation, de même qu’un portail convivial qui permet de fureter dans les données ou de les retrouver.

Évolution du logiciel : Pour que de nouvelles équipes scientifiques adoptent la plateforme, on en simplifiera l’installation et la configuration. Overture sera aussi doté d’autres fonctions d’authentification et on rendra le portail encore plus adaptable.

  • GenAP | sous la direction de Pierre-Étienne Jacques (Ph. D.), Université de Sherbrooke

Depuis le financement initial accordé par CANARIE en 2013, la plateforme d’analyse en génétique et en génomique GenAP a simplifié l’accès aux ressources de calcul informatique de pointe de Calcul Canada pour plus de 200 chercheurs en sciences de la vie.

Évolution du logiciel : Afin de répondre à la demande venant d’un nombre croissant d’utilisateurs dans de nouvelles disciplines qui font un usage massif des données, on mettra à l’échelle les capacités d’analyse computationnelle et les flux de travaux scientifiques de GenAP.

  • PAVICS-Hydro (Phase 2) | sous la direction de Richard Arsenault (Ph. D.), École de technologie supérieure (ÉTS)

La plateforme PAVICS (acronyme de Power Analytics for Visualization of Climate Science ou analyse de puissance pour visualiser la climatologie) rassemble des services d’analyse du climat comme la consultation, le traitement et la visualisation des données. Sa création avait d’abord été subventionnée par CANARIE en 2018. Son objectif général est d’épauler des chercheurs dans les disciplines qui ont de plus en plus besoin de données climatiques dans leurs travaux et leurs activités.

Évolution du logiciel : PAVICS-Hydro ajoutera des techniques de modélisation pour les exutoires des bassins hydrographiques disséminés. D’autres modifications de nature générique faciliteront la recherche, le développement et la formation.

  • CANFAR | sous la direction de Kimberly Venn (Ph. D.), Université de Victoria

La plateforme CANFAR (acronyme de Canadian Advanced Network for Astronomy Research ou réseau canadien évolué pour la recherche en astronomie) simplifie l’accès aux projets d’astronomie qui exploitent les données massives venant des télescopes canadiens et de l’infrastructure de Calcul Canada. CANFAR a obtenu des fonds de CANARIE pour la première fois en 2011.

Évolution du logiciel : Les nouveaux modules de CANFAR permettront aux équipes de recherche d’adapter l’usage de leurs ressources en nuage à l’analyse et au stockage des données. Pour la toute première fois, les chercheurs pourront aussi élaborer des flux de travaux scientifiques interactifs, reposant sur la consultation de jeux massifs de données au moyen d’un navigateur. En outre, ils pourront contrôler ces flux et les partager avec leurs collaborateurs.

  • iEnvironment | sous la direction de Donald D. Cowan (Ph. D.), Université de Waterloo

D’abord financée par CANARIE en 2017, la plateforme iEnvironment rend les sciences de l’environnement et la recherche en génie sur la surface de l’eau plus faciles en permettant aux chercheurs d’accéder aisément aux données environnementales et de les partager.

Évolution du logiciel : Pour aider de nouvelles équipe de recherche sur l’eau de surface de maintes disciplines, iEnvironment se dotera de nouvelles fonctionnalités qui autoriseront la réutilisation et la surveillance des données et des applications, la gestion des adaptations ainsi que la visualisation et le traitement de pointe des données.

  • OpenPNM and PoreSpy | sous la direction de Jeff Gostick (Ph. D.), Université de Waterloo

Grâce à ces plateformes, les scientifiques et les ingénieurs spécialisés dans les matériaux peuvent étudier les structures au niveau des pores, capacité aussi unique qu’indispensable si l’on veut comprendre comment les fluides, les électrons et la chaleur circulent dans les matériaux poreux. Le financement d’OpenPNM par CANARIE remonte à 2017.

Évolution du logiciel : Pour appuyer de nouvelles équipes scientifiques, on optimisera la performance des deux plateformes et on leur ajoutera des fonctionnalités qui faciliteront la recherche sur les matériaux tendres et les structures géologiques.

Les nouveaux logiciels élaborés grâce aux fonds de CANARIE exploitent les logiciels développés antérieurement qu’on retrouve sur le Portail des logiciels de recherche. Par la suite, les nouveaux logiciels enrichiront le répertoire du portail afin que d’autres chercheurs puissent s’en servir, ce qui se soldera par d’importantes économies d’efforts et d’argent grâce à la puissance d’un tel cycle de développement et de réutilisation.

Renseignements

Ela Yazdani
Directrice, Communications
CANARIE
ela.yazdani@canarie.ca | 613-282-1584

À propos de CANARIE

CANARIE connecte les Canadiens les uns aux autres ainsi qu’au reste de la planète. Les programmes de l’organisation confèrent aux chercheurs, aux étudiants et aux jeunes entreprises ce dont ils ont besoin pour exceller sur la scène mondiale.

CANARIE et ses treize partenaires provinciaux et territoriaux forment le Réseau national de la recherche et de l’éducation du Canada, un réseau ultrarapide qui connecte les chercheurs, les enseignants et les innovateurs du pays entre eux, et leur donne accès à leurs homologues, aux données et aux technologies du globe.

Réseau mis à part, CANARIE finance et promeut la création de logiciels qui facilitent la recherche et pilote les efforts nationaux déployés pour gérer les données qui en découlent. Afin de rendre le milieu de la recherche et de l’enseignement du Canada plus sûrs, CANARIE finance, met en œuvre et soutient des initiatives en cybersécurité de concert avec ses partenaires du RNRE, le gouvernement, les universités et le secteur privé. L’organisation dispense aussi des services de gestion des identités au milieu universitaire et procure aux jeunes entreprises canadiennes des ressources en nuage ainsi que de l’expertise dans les technologies émergentes.

Fondé en 1993, CANARIE est une société sans but lucratif principalement financée par le gouvernement du Canada.